Новый тоннель в отличие от старого, – однопутный, однако это не ограничит объёмы движения. Разрешённая скорость поездов по тоннелю – 90 км/ч.
Через него теперь проходит весь поток поездов участка Крымская – Новороссийск. Даже при пиковом объёме перевозок через тоннель будут курсировать до 16 пар пассажирских, 4 пригородных и 27 грузовых поездов в сутки.
Строительство нового однопутного Новороссийского тоннеля началось в 2005 году. Протяжённость тоннеля составила 1630 м.
На очереди второй этап строительства – реконструкции действующего тоннеля под один путь.
На строительстве работали две тоннелестроительные организации – ООО «Управление механизации горно-капитальных работ».
Генеральный подрядчик строительства – ОАО «СТРОЙ-ТРЕСТ».